Morat fut décisif pour la préservation de l’indépendance des Confédérés, qui allaient devenir quelque temps une grande puissance et des mercenaires fort recherchés. Les gains de territoires, en revanche, étaient modestes: Berne gagna Erlach et Aigle ainsi que, conjointement avec Fribourg, Morat, Grandson, Orbe et Echallens. Fribourg et Soleure rejoignirent la Confédération.
En même temps, des jalons décisifs furent posés pour l’histoire de l’Europe. Les véritables gagnants étaient la France et l’Autriche. La France obtint la Bourgogne et la Picardie, tandis que les terres de Forêt Noire et de Haute-Alsace revinrent à l’Autriche. Par le mariage de Maximilien avec Marie de Bourgogne, fille unique de Charles, les Habsbourg mirent la main sur le Luxembourg et les Pays-Bas. La Franche-Comté conquise par les Confédérés alla également à l’Autriche, contre la volonté de Berne. La majorité des Suisses ne voulaient pas étendre leur territoire vers l’ouest et vendirent les terres aux Habsbourg. La Lorraine elle aussi redevint indépendante.